ゆゆ式自体です。
CSS の hover で判定するのは諦めて、 jQuery でクラスをつけます。

$e = $("div._elements_contain_iframe");
if(navigator.userAgent.indexOf("MSIE") !== -1){
  $e.on("mouseenter",function(){ 
    $(this).addClass("hover");
  });
  $e.on("mouseenter", "iframe", function(){ 
    $(this).parents($e).addClass("hover");
  });
  $e.on("mouseout",function(){ 
    $(this).removeClass("hover");
  });
  $e.on("mouseout", "iframe", function(){ 
    $(this).removeClass("hover");
  });
}

これで動きます。